牡丹江市突发公共事件应急委员会办公室于2005年10月经牡丹江市机构编制委员会《关于成立牡丹江市突发公共事件应急委员会办公室的批复》（牡市编发〔2005〕58号）文件批复成立，作为牡丹江市突发公共事件应急委员会的办事机构（简称市应急办），设在市政府办公室，现为处级单位。目前，内设应急指挥科、应急管理科、应急值守科3个科室，核定编制10人，配主任1人，副主任1人。